《秘密入侵》的设定与《惊奇队长》第一部电影的结局有关。卡罗尔·丹弗斯和尼克·弗瑞承诺,给斯库鲁人找一个新的家园。只是,二十多年过去了,他们仍然没有兑现承诺。这让斯库鲁人感到厌倦,也没有了耐心。这促使,他们来到了地球。此外,《EVA》中意识流的叙事方式,也对新海诚有着决定性的影响。因为制作经费紧张,《EVA》剧集版中的最后几集,以意识流的逻辑将人物的心理活动以画外音的形式贯穿全片,配合不追求叙事而追求表达的动画出演,用极低的成本达到了动漫史上少见的震撼效果。这点也被新海诚沿用,相信看过《秒速五厘米》的朋友深有体会。